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3.2 Exécution locale de la segmentation AI

Vous pouvez exécuter la segmentation AI localement, garantissant qu'aucune donnée ne quitte votre système. Pour ce faire, installez TotalSegmentator sur votre machine. Pour cela, vous devez d'abord installer Python, PyTorch et ajouter python au PATH. TotalSegmentator fonctionne sur Ubuntu, macOS et Windows, et prend en charge à la fois le CPU et le GPU. La performance sur GPU est nettement plus rapide.

3.2.1

Installation de Python

Si Python est déjà installé sur votre appareil, vous pouvez passer cette étape.

Comment vérifier si Python est installé ?

  1. Ouvrez l'invite de commandes.

  2. Tapez python --version

  3. S'il est installé, vous verrez la version installée. Sinon, un message du type 'python' n'est pas reconnu en tant que commande interne ou externe s'affichera.

Comment installer Python ?

  1. Allez à Site de téléchargement de Python.

  2. Trouvez la version entre 3.7 et 3.13.

  3. S'il est installé, vous verrez la version installée. Sinon, un message du type 'python' n'est pas reconnu en tant que commande interne ou externe s'affichera.

  4. Assurez-vous de cocher la case 'Ajouter python.exe au PATH' et vérifiez que pip sera installé avec Python (il est inclus lorsque vous choisissez l'option 'Installer maintenant').

  5. Install python
  6. Installez Python.

  7. Vous pouvez vérifier si l'installation a réussi en suivant les étapes ci-dessus : Comment vérifier si vous avez Python installé ?

Python dans le PATH

Il est très important d’avoir Python ajouté à la variable d’environnement PATH. Pour voir si vous l’avez dans le PATH, tapez ‘python’ dans l’invite de commande. S’il est ajouté, il s’ouvrira dans l’invite de commande. Sinon, un message tel que ‘python n’est pas reconnu comme une variable interne ou externe apparaîtra. Voir ici comment ajouter Python au PATH.

3.2.2

Installation de PyTorch

Si PyTorch est déjà installé sur votre appareil, vous pouvez passer cette étape.

Comment vérifier si PyTorch est installé ?

  1. Ouvrez l'invite de commande.

  2. Tapez python

  3. Tapez import torch

  4. Tapez print(torch.__version__)

  5. S'il est installé, vous verrez la version installée. Sinon, un message du type 'ModuleNotFoundError : aucun module nommé 'torch' s'affichera.

Comment installer PyTorch ?

  1. Allez à Site de téléchargement de PyTorch.

  2. Choisissez la bonne version de PyTorch selon que vous souhaitez utiliser la version CPU ou CUDA (GPU).

  3. Copiez (CTRL+C) la commande spécifiée dans la section Exécuter cette commande, par exemple pip3 install torch torchvision torchaudio --index-url https://download.pytorch.org/whl/cu118

  4. Ouvrez l'invite de commande et collez la commande copiée.

  5. Installez PyTorch.

  6. Vous pouvez vérifier si l'installation a réussi en suivant les étapes ci-dessus : Comment vérifier si vous avez PyTorch installé ?

3.2.3

Installation de TotalSegmentator

Si TotalSegmentator est déjà installé sur votre appareil, vous pouvez passer cette étape.

Comment installer TotalSegmentator ?

  1. Ouvrez l'invite de commande.

  2. Tapez pip install TotalSegmentator==2.3.5.0

  3. Installez TotalSegmentator.

  4. Pour vérifier si TotalSegmentator est correctement installé, tapez dans la ligne de commande TotalSegmentator -–version. Cela devrait afficher la version installée.

  5. Redémarrez votre ordinateur pour que TotalSegmentator soit disponible pour d'autres applications, comme Medicalholodeck.

  6. Allez dans les paramètres et autorisez l'affichage des modèles de segmentation locaux.

  7. Install TotalSegmentator
  8. Une fois que tout est correctement installé, les options de segmentation dans Medicalholodeck apparaîtront sans la note cloud, indiquant un traitement local.